Balík EMBOSS verze 6.2.0 nyní obsahuje schopnost číst další souborové formáty a rovněž aktualizované verze současných formátů. Nachází se v něm několik nových schopností a některé změny vyžadované ve skriptech. Podrobnosti o těchto změnách lze nalézt na http://emboss.sourceforge.net/developers/changelog.html#0.

Macaulay2 nyní obsahuje certifikaci nových balíčků schválených pro publikaci v rovnocenně revidovaných žurnálech, stejně jako ohromné množství nových programů a balíčků. Některé schopnosti jsou zdokonaleny a změněny. Uživatelé by si měli kvůli podrobnostem o těchto vylepšeních projít http://www.math.uiuc.edu/Macaulay2/doc/Macaulay2-1.3.1/share/doc/Macaulay2/Macaulay2Doc/html/_changes_cm_sp1.3.html.

Aplikace R byla povýšena na verzi 2.10.1. Kromě nových vlastností se zde nachází dlouhý seznam oprav chyb. Chcete-li zjistit více, přečtěte si https://svn.r-project.org/R/trunk/NEWS (odrolujte dolů z 2.10 k 2.10.1). Povýšení na nové verze se dočkalo také několik souvisejících balíčků a režimů emacs.

Fedora 13 obsahuje ugene ve verzi 1.6.1. Přechod na novou verzi je silně doporučován kvůli některým opravám vážných chyb. Dáváte-li přednost kompilaci ze zdrojových balíčků před instalací z RPM, prostudujte si, pro zvláštní akce, které potřebujete provést pro úspěšný přechod na novou verzi, http://ugene.unipro.ru/news.html#160210, pro zvláštní akce, které potřebujete provést pro úspěšný přechod na novou verzi. Při normální instalaci za použití yum nebo PackageKit není tyto akce nutné provádět.