פדורה 13 כוללת את גרסה 4.8.26 של מסד הנתונים Berkeley db4. הגרסה הזו כוללת ביצועים משופרים, כלי db_sql חדש, ו-APIs נוספים.

מסד הנתונים mysql עודכן לגרסה 5.1.44 (מגרסה 5.1.39). הגרסה הזו כוללת יכולת שכפול חדשה. ראה את הערות השחרור של MySql ב-http://lists.mysql.com/announce/664, http://lists.mysql.com/announce/660, http://lists.mysql.com/announce/654, http://lists.mysql.com/announce/645, ו-http://lists.mysql.com/announce/639 לפרטים נוספים.

מסד הנתונים postgresql עודכן לגרסה 8.4.2. למרות שגרסה זו מכילה בעיקר תיקוני באגים, אם יש לך hash indices, אתה צריך לבצע REINDEX לטבלאות האלו אחרי השדרוג (לא דרוש dump). לרשימה מלאה של באגים שתוקנו ראה http://www.postgresql.org/docs/8.4/static/release-8-4-2.html.

עבור פדורה 13, מסד הנתונים sqlite שודרג מגרסה 3.6.17 לגרסה 3.6.23. הגרסה הזו מוסיפה מספר pagramas ופונקציות חדשות, ובנוסף תיקוני באגים רבים. ראה http://www.sqlite.org/changes.html לרשימה מלאה של השינויים.