La versione 6.2.0 di EMBOSS può ora leggere ulteriori formati di file, come pure versioni aggiornate dei formati correnti. Sono state inserite nuove funzionalità ed alcuni script richiedono di essere modificati. I dettagli relativi a questi cambiamenti possono trovarsi nelle Note di rilascio Version 6.2.0 15-Jan-2010

Macaulay2 ora include la certificazione dei nuovi pacchetti che sono stati approvati dalle riviste specializzate nel settore, oltre a nuovi programmi e pacchetti. Alcune funzionalità sono state migliorate o modificate. Gli utenti interessati dovrebbero leggere Macauly2: changes 1.3, per conoscere tutti i dettagli.

R è stato aggiornato alla versione 2.10.1. Sono presenti nuove feature e sono stati risolti numerosi problemi. Per i dettagli fare riferimento a 2.11 SERIES NEWS (sul sito della pagina, scorrere fino a trovare 2.10 e 2.10.1). Sono stati inoltre aggiornati molti pacchetti relativi ad R e le modalità emacs sono state aggiornate.

Fedora 13 include la versione 1.6.1 di ugene. L'aggiornamento è caldamente raccomandato poichè risolve molti problemi. Se si desidera compilare il pacchetto invece di usare un RPM, si consiglia di leggere UGENE 1.6.1 is released, per conoscere le operazioni necessarie per effettuare con successo l'aggiornamento. Non è indispensabile leggere tali note nel caso di una normale installazione con yum o PackageKit.