Fedora 13 include la versione 4.8.26 del Berkeley database, db4. Questa versione è caratterizzata da un incremento delle prestazioni, dal nuovo strumento db_sql, e da API aggiuntive.

mysql è stato aggiornato dalla versione 5.1.39 alla 5.1.44. Questa versione include nuove capacità di replicazione. Per ulteriori dettagli, fare riferimento alle note di rilascio: MySQL Community Server 5.1.44, MySQL Community Server 5.1.43, MySQL Community Server 5.1.42, MySQL Community Server 5.1.41, e MySQL Community Server 5.1.40.

postgresql è stato aggiornato alla versione 8.4.2. Sebbene si tratti soltanto di soluzioni di bug, se si hanno hash indices, dopo l'aggiornamento è consigliato RE-INDICIZZARE queste tabelle (non è richiesto alcun dump). Per una lista completa dei bug risolti fare riferimento alla Release 8.4.2.

In Fedora 13, sqlite è stato aggiornato dalla versione 3.6.17 alla 3.6.23. Questa versione aggiunge un certo numero di nuovi pragma e funzioni, come pure risolve molti bug. Per una lista dettagliata dei cambiamenti, fare riferimento alla Release History.