Versie 6.2.0 van EMBOSS bevat nu de mogelijkheid om extra bestandsformaten te lezen en heeft ook vernieuwde versies van huidige formaten. Er zijn een aantal nieuwe mogelijkheden, en sommige veranderingen zijn vereist in scripts. Details van deze veranderingen kunnen gevonden worden op http://emboss.sourceforge.net/developers/changelog.html#0.

Macaulay2 bevat nu certificatie van nieuwe pakketten die goedgekeurd zijn voor publicatie in peer-review journalen, en een groot aantal nieuwe programma's en pakketten. Sommige mogelijkheden zijn verbeterd of veranderd. Gebruikers moeten http://www.math.uiuc.edu/Macaulay2/doc/Macaulay2-1.3.1/share/doc/Macaulay2/Macaulay2Doc/html/_changes_cm_sp1.3.html bekijken voor details van deze verbeteringen.

R is vernieuwd naar 2.10.1. Er zijn een aantal nieuwe eigenschappen en een lange lijst van fout reparaties. Voor details refereer je naar https://svn.r-project.org/R/trunk/NEWS blader naar 2.10 en 2.10.1). Veel aan R gerelateerde pakketten en emacs modes zijn ook vernieuwd.

Fedora 13 bevat versie 1.6.1 van ugene.De vernieuwing wordt sterk aanbevolen omdat er enkele reparaties voor ernstige fouten gemaakt zijn. Als je er de voorkeur aan geeft om het pakket te compileren in plaats van de RPM te installeren, moet je http://ugene.unipro.ru/news.html#160210 bekijken voor specifieke acties die je moet nemen om de vernieuwing met succes te maken. Dit is niet nodig voor een normale installatie met gebruik van yum of PackageKit.