Wersja 6.2.0 programu EMBOSS zawiera teraz możliwość odczytywania dodatkowych formatów plików, a także zaktualizowanych wersji obecnych formatów. Zawiera także liczne nowe możliwości, a także kilka zmian wymaganych w skryptach. Szczegóły o tych zmianach można znaleźć na stronie http://emboss.sourceforge.net/developers/changelog.html#0.

Program Macaulay2 zawiera teraz certyfikację nowych pakietów, które zostały zaakceptowane do publikacji w recenzowanych czasopismach, a także wiele nowych programów i pakietów. Niektóre możliwości zostały ulepszone lub zmienione. Użytkownicy powinni przejrzeć stronę http://www.math.uiuc.edu/Macaulay2/doc/Macaulay2-1.3.1/share/doc/Macaulay2/Macaulay2Doc/html/_changes_cm_sp1.3.html, aby dowiedzieć się więcej o tych ulepszeniach.

Program R został zaktualizowany do wersji 2.10.1. Wprowadzono liczne nowe funkcje, a także wiele poprawek błędów. Szczegóły można znaleźć na stronie https://svn.r-project.org/R/trunk/NEWS (należy przewinąć do wersji 2.10 i 2.10.1). Wiele pakietów związanych z programem R i trybów programu Emacs zostało także zaktualizowanych.

Fedora 13 zawiera wersję 1.6.1 programu ugene. Aktualizacja jest mocno zalecana, ponieważ wprowadzono kilka poprawek poważnych błędów. Aby skompilować pakiet zamiast instalowania programu z pakietu RPM, należy przejrzeć stronę http://ugene.unipro.ru/news.html#160210 w celu uzyskania informacji o określonych działaniach, wymaganych do poprawnej aktualizacji. Nie jest to wymagane do normalnej instalacji używając programów yum lub PackageKit.