A versão 6.2.0 do EMBOSS agora inclui a capacidade de ler formatos de ficheiros adicionais, bem como versões actualizadas dos formatos actuais. Há uma série de novas capacidades, e algumas mudanças necessárias em scripts. Detalhes destas alterações pode ser encontrada em http://emboss.sourceforge.net/developers/changelog.html#0.

Macaulay2 agora inclui a certificação de novos pacotes que foram aprovados para publicação em revistas e jornais, bem como um grande número de novos programas e pacotes. Alguns recursos foram melhorados ou alterados. Os utilizadores devem rever http://www.math.uiuc.edu/Macaulay2/doc/Macaulay2-1.3.1/share/doc/Macaulay2/Macaulay2Doc/html/_changes_cm_sp1.3.html para detalhes sobre estes melhoramentos.

O R foi actualizado para a versão 2.10.1. Há uma série de novas funcionalidades, bem como uma longa lista de correções. Para detalhes consulte https://svn.r-project.org/R/trunk/NEWS (desça até a versão 2.10 e 2.10.1). Muitos pacotes R-relacionados e modos do emacs também foram actualizados.

O Fedora 13 inclui a versão 1.6.1 do ugene. A actualização é altamente recomendada, pois há algumas correções de bugs sérios. Se preferir compilar o pacote, em vez de instalar a partir do RPM, você deve rever http://ugene.unipro.ru/news.html#160210 para acções específicas que precisa de executar para fazer uma actualização bem sucedida. Isso não é necessário para uma instalação normal utilizando yum ou PackageKit.