O Fedora 13 inclui a versão 4.8.26 da base de dados Berkeley db4. Esta versão apresenta uma performance melhorada, uma nova ferramenta db_sql, e APIs adicionais.

O mysql foi actualizado para a versão 5.1.44 (de 5.1.39). Esta versão inclui novas capacidades de replicação. Consulte as notas de lançamento do MySQL http://lists.mysql.com/announce/664, http://lists.mysql.com/announce/660, http://lists.mysql.com/announce/654, http://lists.mysql.com/announce/645, e http://lists.mysql.com/announce/639 para detalhes adicionais.

O postgresql foi actualizado para a versão 8.4.2. Embora esta seja principalmente uma versão de correção de erros, se você tiver quaisquer índices de hash, você deve reindexar (REINDEX) essas tabelas depois de actualizar (não é necessário um dump). Para obter uma lista completa das correções consulte http://www.postgresql.org/docs/8.4/static/release-8-4-2.html.

Para o Fedora 13, o sqlite foi actualizado da versão 3.6.17 para 3.6.23. Esta versão adiciona um número de pragmas e funções, bem como muitas correcções de erros. Consulte http://www.sqlite.org/changes.html para obter uma lista completa das alterações.