Версия 6.2.0 программы EMBOSS теперь может читать дополнительные форматы файлов, а также обновленные версии текущих форматов. Имеется ряд новых возможностей и некоторые необходимые изменения в скриптах. Подробные сведения об этих изменениях можно найти на http://emboss.sourceforge.net/developers/changelog.html#0.

В Macaulay2 теперь имеется сертификация новых пакетов, утвержденных для опубликования в рецензируемых научных журналах, а также большого числа новых программ и пакетов. Некоторые возможности были улучшены или изменены. Пользователям следует просмотреть подробные сведения об этих улучшениях на http://www.math.uiuc.edu/Macaulay2/doc/Macaulay2-1.3.1/share/doc/Macaulay2/Macaulay2Doc/html/_changes_cm_sp1.3.html.

R обновлен до 2.10.1. Имеется ряд новых возможностей, а также длинный список исправлений ошибок. Подробности см. в https://svn.r-project.org/R/trunk/NEWS (пролистайте вниз до 2.10 и 2.10.1). Обновлены также многие относящиеся к R пакеты и моды для emacs.

Fedora 13 содержит версию 1.6.1 программы ugene. Это обновление очень рекомендуется, потому что в ней есть исправления серьезных ошибок. Если вы предпочитаете скомпилировать пакет, а не устанавливать его из RPM, вам следует посмотреть http://ugene.unipro.ru/news.html#160210, чтобы узнать специфические действия, необходимые для успешного обновления. В этом нет необходимости при обычной установке с помощью yum или PackageKit.