Version 6.2.0 av EMBOSS kan nu läsa ytterligare filformat samt uppdaterade versioner av nuvarande format. Det finns ett antal nya funktioner, och några ändringar behöver göras i skript. Detaljer om dessa ändringar finns på http://emboss.sourceforge.net/developers/changelog.html#0.

Macaulay2 innehåller nu certifiering av nya paket som har godkänts för publicering i tidningar med granskning bland likar, liksom ett stort antal nya program och paket. Några egenskaper har förbättrats eller ändrats. Användare bör se över http://www.math.uiuc.edu/Macaulay2/doc/Macaulay2-1.3.1/share/doc/Macaulay2/Macaulay2Doc/html/_changes_cm_sp1.3.html för detaljer om dessa förbättringar.

R har uppgraterats till 2.10.1. Det finns ett antal nya funktioner liksom en lång lista med felrättningar. För specifika detaljer se https://svn.r-project.org/R/trunk/NEWS (bläddra ner till 2.10 och 2.10.1). Många R-relateerade paket och emacs-lägen har också uppgraderats.

Fedora 13 innehåller version 1.6.1 av ugene. Denna uppgradering rekommenderas starkt eftersom som den har rättningar av några allvarliga fel. Om du föredrar att kompilera paketet snarare än att installera det från RPM:en, bör du se över http://ugene.unipro.ru/news.html#160210 för specifika åtgärder du behöver vidta för att uppgraderingen skall bli lyckad. Detta är inte nödvändigt för en normal installation med användning av yum eller PackageKit.