La versión 6.2.0 de EMBOSS ahora ofrece la posibilidad de leer formatos de archivo adicionales al igual que versiones actualizadas de los formatos actuales. Existe una gran cantidad de nuevas herramientas, y algunas modificaciones que fueron necesarias en los scripts. Los detalles de estas modificaciones pueden encontrarse en http://emboss.sourceforge.net/developers/changelog.html#0.

Macaulay2 ahora ofrece certificación de nuevos paquetes que han sido aprobados para su publicación, más una numerosa cantidad de nuevos programas y paquetes. Algunas herramientas han sido mejoradas o modificadas. Los usuarios deberían dirigirse a http://www.math.uiuc.edu/Macaulay2/doc/Macaulay2-1.3.1/share/doc/Macaulay2/Macaulay2Doc/html/_changes_cm_sp1.3.html, para conocer los detalles de estas mejoras.

R ha sido actualizado a la versión 2.10.1. Existe una gran cantidad de nuevos recursos, y una extensa lista de solución de errores. Para conocer detalles específicos, diríjase a https://svn.r-project.org/R/trunk/NEWS (secciones 2.10 y 2.10.1). También se han actualizado muchos paquetes relacionados con R y modos emacs.

Fedora 13 ofrece la versión 1.6.1 de ugene. La actualización es altamente recomendada, ya que existen algunas soluciones a graves errores. Si prefiere compilar el paquete en vez de instalarlo desde el RPM, debería visitar http://ugene.unipro.ru/news.html#160210 para conocer qué acciones específicas realizar de modo de lograr una actualización exitosa. Esto no es necesario con una instalación normal mediante yum o PackageKit.