До версії 6.2.0 EMBOSS включено можливості з читання файлів у додаткових форматах, а також оновлених версіях поточних форматів. Передбачено декілька нових можливостей, внесено відповідні зміни до скриптів. Докладніше про ці зміни можна дізнатися за адресою: http://emboss.sourceforge.net/developers/changelog.html#0.

У Macaulay2 передбачено сертифікацію нових пакунків, які було прийнято до друку у журналах з ретельним рецензуванням, а також багато нових програм і пакунків. Крім того, було удосконалено та змінено деякі можливості. Щоб дізнатися більше про удосконалення, користувачам слід ознайомитися з цією сторінкою: http://www.math.uiuc.edu/Macaulay2/doc/Macaulay2-1.3.1/share/doc/Macaulay2/Macaulay2Doc/html/_changes_cm_sp1.3.html.

R було оновлено до версії 2.10.1. У цій версії передбачено ряд нових можливостей, а також виправлено досить багато вад. Докладніше про оновлення можна дізнатися зі сторінкиhttps://svn.r-project.org/R/trunk/NEWS (записи, що стосуються версій 2.10 і 2.10.1, розташовано у нижній частині сторінки). Крім того, оновлено багато пов’язаних з R пакунків та відповідні скрипти до emacs.

До складу Fedora 13 включено версію 1.6.1 ugene. Наполегливо рекомендуємо вам оновити програму до цієї версії, оскільки у ній виправлено ряд серйозних вад. Якщо ви надаєте перевагу збиранню пакунка власноруч замість встановлення RPM, вам варто ознайомитися з вмістом сторінки http://ugene.unipro.ru/news.html#160210, щоб дізнатися про дії, які слід виконати для успішного оновлення. Виконання цих дій непотрібне для встановлення у звичайному режимі, за допомогою yum або PackageKit.