EMBOSS のバージョン 6.2.0 には追加のファイル形式を読み取る機能の他、 現在の形式の更新バージョンも含まれます。 新機能がいくつかあるためスクリプトにいくつか変更が必要となります。 これらの変更詳細については http://emboss.sourceforge.net/developers/changelog.html#0 をご覧ください。

Macaulay2 には専門家によって検証されたジャーナルでの発表が認可されている新しいパッケージの証明の他、 数多くの新しいプログラムやパッケージが含まれるようになります。 改善または変更された機能がいくつかあります。 ユーザーの方はこれらの改善点について http://www.math.uiuc.edu/Macaulay2/doc/Macaulay2-1.3.1/share/doc/Macaulay2/Macaulay2Doc/html/_changes_cm_sp1.3.html をご確認ください。

R は 2.10.1 にアップグレードされています。 いくつかの新機能の他、 数多くのバグ修正があります。 詳細については https://svn.r-project.org/R/trunk/NEWS を参照してください (2.10 と 2.10.1 にスクロールダウン)。 R 関連のパッケージや emacs モードも数多くアップグレードされています。

Fedora 13 には ugene のバージョン 1.6.1 が含まれます。 深刻なバグに対する修正がいくつか存在するためアップグレードを強く推奨します。 RPM からのインストールではなくパッケージのコンパイルを行う場合は、 アップグレードに失敗しないよう行う必要のある事項について http://ugene.unipro.ru/news.html#160210 を確認してください。 yum や PackageKit を使った通常のインストールには必要ありません。